Galvenā atšķirība starp anamoksu un denitrifikāciju ir tāda, ka anamokss attiecas uz anaerobo amonija oksidēšanu, kas anoksiskos apstākļos amoniju un nitrītus pārvērš slāpekļa gāzē. Tikmēr denitrifikācija ir nitrātu bioloģiskā pārveidošanās par N 2, denitrifikējot baktērijas.
Slāpekļa cikls ir svarīgs bioģeoķīmiskais cikls, kurā slāpeklis tiek pārveidots dažādās ķīmiskās formās, piemēram, NH 3, NH 4 +, NO 2 -, NO 3 -utt. Slāpekļa ciklā ir redzami četri galvenie procesi. Tie ir fiksācija, amonifikācija, nitrifikācija un denitrifikācija. Daudzus no šiem procesiem veic mikroorganismi, īpaši augsnē esošās baktērijas. Anammox ir viens no jaunākajiem slāpekļa cikla papildinājumiem. Tas ir anaerobās amonija oksidēšanās process. Īpaša baktēriju grupa, kas pazīstama kā planctomycetes, veic šo procesu. Viņiem piemīt īpaša organelle, ko sauc par anamoksosomām, kas nodrošina vietu anamoksas reakcijai. Tomēr galu galā gan denitrifikācija, gan anamokss rada slāpekļa gāzi.
