Galvenā atšķirība starp X inaktivāciju un genomisko nospiedumu ir tā, ka X inaktivācija ir process, kurā dažām sievietēm tiek inaktivēta viena X hromosomas kopija, savukārt genoma nospiedums ir process, kas ir atkarīgs no izcelsmes vecākiem, un tas ir process, kurā gēni ir atšķirīgi izteikti.
X inaktivācija un genomiskā nospiedums ir divi procesi, kas var izraisīt monoalēlisku izpausmi. Vienkārši sakot, abas parādības izraisa vienas gēna kopijas izslēgšanu. Genomu nospiedums notiek noteiktos gēnos, savukārt X inaktivācija izraisa gēnu inaktivāciju visā X hromosomā. Tomēr abu procesu rezultātā samazinās gēnu ekspresija.
