Galvenā atšķirība starp nejaušu un iespiestu X inaktivāciju ir tāda, ka nejauša X inaktivācija ir tēva vai mātes X hromosomas inaktivācija ar vienādu varbūtību gastrulācijas laikā epiblastā, savukārt uzdrukātā X inaktivācija ir paternāli iegūtas X nejauša X inaktivācija hromosomu zīdītāju ekstraembrionālajos audos.
X inaktivācija ir process, ko novēro sieviešu zīdītājiem. Parasti sievietēm ir divas X hromosomas. Sievietēm zīdītājiem viena X hromosoma kļūst neaktīva. Citiem vārdiem sakot, viena X hromosoma kļūst par transkripcijas neaktīvu struktūru. Kad tas notiek, šī konkrētā X hromosoma paliek neaktīva visā šūnas un tās pēcnācēju dzīves laikā organismā. Turklāt inaktivētā X hromosoma kondensējas kompaktā struktūrā, ko sauc par Barra ķermeni, un tā tiek stabili uzturēta klusā stāvoklī. Arī X inaktivācijas process ir atkarīgs no divu nekodējošu komplementāru RNS kontroles. Tomēr X inaktivācija nenotiek vīriešiem, kuriem ir tikai viena X hromosoma. Turklāt X inaktivācija var notikt nejauši vai nospiedumu dēļ.
