Galvenā atšķirība starp UPGMA un kaimiņu pievienošanās koku ir filoģenētiskā koka veids, kas izriet no katras metodes. UPGMA ir sakņotu filoģenētisko koku konstruēšanas paņēmiens, bet kaimiņu pievienošanās kokam ir nesakņotu filoģenētisko koku konstruēšanas paņēmiens.
Filoģenētiskie koki ir kokiem līdzīgas diagrammas, kas parāda evolūcijas attiecības starp organismiem. Filoģenētiskajam kokam var būt dažādas topoloģijas atkarībā no koka būvēšanai izmantotās tehnikas. UPGMA un kaimiņu pievienošanās kokam ir divas galvenās metodes, kas veido filoģenētiskos kokus.
