Galvenā atšķirība starp helikāzi un topoizomerāzi ir tāda, ka helikāze ir ferments, kas atdala divus komplementārus DNS pavedienus, pārtraucot ūdeņraža saites starp divu virkņu pamatnēm, savukārt topoizomerāze ir ferments, kas noņem pozitīvos un negatīvos super tinumus, kas izveidojušies DNS atritināšanas procesā, sagriežot un vienas vai abu DNS dupleksa virkņu aizzīmogošana.
DNS ir dubultā spirāle. Tas pastāv divos komplementāros pavedienos, kas savienoti kopā ar ūdeņraža saitēm. DNS replikācijai, transkripcijai un DNS labošanai ir nepieciešams nošķirt divus pavedienus, lai izveidotu jaunas kopijas, izveidotu mRNS un pievienotu nukleotīdus, lai tos labotu. Šajā brīdī spēlē divi enzīmi - helikāze un topoizomerāze. Tāpēc DNS atritināšanā būtiskas ir gan helikāzes, gan topoizomerāzes. Helicase atdala divķēdu DNS atsevišķos pavedienos, pārtraucot ūdeņraža saites starp nukleotīdu bāzes pāriem divkāršās DNS. Turpretī topoizomerāze atšķetina DNS vērpjot un atbrīvo DNS superspoles raksturu, sagriežot DNS fosfāta mugurkaulu vienā vai abos pavedienos.
