Galvenā atšķirība starp prokariotu un eikariotu topoizomerāzi ir topoizomerāzes šūnu izcelsme. Prokariotu topoizomerāzes atrodas prokariotu šūnu izcelsmes šūnās, savukārt eikariotu topoizomerāzes ir starp organismiem ar eikariotu šūnu izcelsmi. Turklāt tie atšķiras arī sadalījumā. Šūnas citoplazmā atrodas prokariotu topoizomerāzes, savukārt kodolā izplatās eikariotu topoizomerāzes.
Izomerāze ir fermentu grupa, kas katalizē molekulu strukturālo pārkārtošanos. Topoizomerāze ir viena veida izomerāzes. Tas modificē DNS molekulas topoloģiju, regulējot DNS superspole. Tas sagriež un atkārtoti aizver vienu vai abus DNS dupleksa pavedienus. Tāpēc DNS spēj iziet replikāciju, transkripciju, remontu un hromosomu segregāciju. Ir divu veidu topoizomerāzes, proti, topoizomerāze I un II.
