Galvenā atšķirība starp homoloģiskajām struktūrām un vestigiālajām struktūrām ir tā, ka homologās struktūras ir anatomiski līdzīgas struktūras, kas sastopamas dažādos organismos, kuriem ir kopīgs sencis, savukārt vestigiālās struktūras ir anatomiskās struktūras, kas zaudējušas savu lietderību organismam.
Homoloģiskās struktūras ir vestigiālas struktūras, kas ir divu veidu anatomiskas struktūras, kurām ir evolūcijas nozīme. Homologās struktūras ir līdzīgas struktūras, kas sastopamas dažādos organismos un nāk no kopēja priekšteča. Turpretī vestigiālās struktūras ir struktūras, kas organismiem vairs nav noderīgas un kurām ir samazināts izmērs.