Galvenā atšķirība starp E. coli un Pseudomonas aeruginosa ir tā, ka E. coli ir fakultatīvas anaerobās baktēriju sugas, kas pieder Enterobacteriaceae un Escherichia ģintīm, savukārt P. aeruginosa ir aerobas baktēriju sugas, kas pieder Pseudomonadadaceae un Pseudomonas ģintīm.
Gan E. coli, gan Pseudomonas aeruginosa ir gramnegatīvas, stieņa formas un kustīgas baktērijas. Turklāt tās ir iekapsulētas baktērijas. Bet E. coli ir Escherichia ģints suga, savukārt P. aeruginosa ir Pseudomonas ģints suga.
