Galvenā atšķirība starp vīrusu un viroīdiem ir tā, ka vīruss ir obligāts parazīts, kas sastāv vai nu no RNS, vai DNS genoma un olbaltumvielu kapsides, savukārt viroīdi ir infekcijas daļiņas, kas sastāv no vienvirziena apļveida RNS molekulām.
Pastāv dažādi infekcijas izraisītāju veidi, kas augiem, dzīvniekiem un citiem organismiem izraisa slimības. Starp tiem baktērijas, sēnītes, vienšūņi, vīrusi, viroīdi un prioni ir labi pazīstami infekcijas izraisītāji. Vīrusi un viroīdi ir ļoti mazas daļiņas. Abi veidi ir obligāti parazīti. Vīruss satur RNS vai DNS genomu, ko ieskauj olbaltumvielu kapsiīds. Tomēr viroīdi ir vienvirziena apļveida RNS molekulas. Tie nesatur olbaltumvielu kapsīdus. Tāpat ir daudz būtisku atšķirību starp vīrusu un viroīdiem. Tādējādi šis raksts ir par vīrusa un viroīdu atšķirības izpēti.