Galvenā atšķirība starp vīrusu un prionu ir tā, ka vīruss ir niecīga infekcijas daļiņa, kas sastāv no nukleīnskābēm un olbaltumvielu apvalka, savukārt prions ir maza infekcijas daļiņa, kas sastāv no viena proteīna.
Ir dažādi bioloģisko vienību veidi, kurus pētījuši mikrobiologi. Starp tiem vīruss un prions ir divu veidu acelulāras infekcijas daļiņas. Tos neuzskata par dzīviem organismiem, jo tiem piemīt vairāk nedzīvu īpašību nekā dzīves raksturlielumi. Tāpat tie nesatur olbaltumvielu sintezēšanai ribosomas un fermentus. Tādējādi viņiem ir nepieciešams dzīvs organisms (saimnieks), lai vairotos. Turklāt tos nevar novērot gaismas mikroskopos, un tos nevar filtrēt ar Chamberland filtriem. Turklāt tie nav kultivējami barības vielu vidē. Atšķirība starp vīrusu un prionu galvenokārt ir saistīta ar to sastāvu. Vīrusi sastāv no nukleīnskābēm un olbaltumvielām, savukārt prioni sastāv tikai no olbaltumvielām. Tāpat šajā rakstā tiks aplūkotas vairākas atšķirības starp vīrusu un prionu.
