Galvenā atšķirība starp cis-cikloheksānu un trans-cikloheksānu ir tāda, ka cis-cikloheksāna aizstājēji ir vērsti uz to pašu gredzena plakni, savukārt trans-cikloheksāna aizstājēji ir vērsti uz pretējām plaknēm.
Cikloheksāns ir cikloalkāns, kurā sešu locekļu oglekļa gredzens pastāv krēsla formā. Krēsla konformācijā šim savienojumam ir viszemākā leņķa deformācija; tādējādi tas ir stabilāks nekā citas iespējamās konformācijas. Turklāt šajā konformācijā puse no ūdeņraža atomiem, kas saistīti ar oglekļa atomiem, atrodas gredzena plaknē. Mēs to saucam par ekvatoriālu pozicionēšanu. Otra puse atrodas perpendikulāri gredzena plaknei. Mēs to saucam par aksiālo pozicionēšanu. Kad cikloheksānā ir divi vai vairāki aizstājēji, mēs varam novērot cis un trans izomerismu, novērojot, vai aizvietotāji atrodas ekvatoriālajā vai aksiālajā stāvoklī.
