Galvenā atšķirība starp cis un transtaukskābēm ir tā, ka cis taukskābēm ir divi ūdeņraža atomi, kas piestiprināti pie dubultās saites tajā pašā oglekļa ķēdes pusē, savukārt trans taukskābēs divi ūdeņraža atomi ir savienoti ar dubulto saiti pretējā pusē oglekļa ķēdes malas.
Taukskābes ir karbonskābes, kas satur garas alifātiskas oglekļa ķēdes, kas ir vai nu piesātinātas, vai nepiesātinātas. Tas nozīmē, ka alifātiskā ķēde var saturēt vai nebūt divkāršās saites starp oglekļa atomiem. Cis un transtaukskābes ir divas nepiesātināto taukskābju formas.
