Galvenā atšķirība starp kolonizāciju un infekciju ir tā, ka kolonizācija ir mikrobu izveidošanās process ķermeņa audos, savukārt infekcija ir mikrobu iebrukuma process ķermeņa audos, lai izraisītu slimības simptomus.
Mikrobu patogenitāte ir pilnīgs bioķīmiskais un strukturālais process, ko nosaka pilnīgs mehānisms, kurā mikroorganisms izraisa slimību. Piemēram, baktēriju patogenitāte var būt saistīta ar dažādām baktēriju šūnas sastāvdaļām, piemēram, kapsulu, fimbrijām, lipopolisaharīdiem (LPS) un citiem šūnu sienas komponentiem. Mēs to varam saistīt arī ar aktīvu sekrēciju vielām, kas bojā saimniekaudus vai pasargā baktērijas no saimnieka aizsargspējas. Kolonizācija un infekcija ir divi mikrobu patogenitātes termini. Pirmais mikrobu patogenitātes posms ir kolonizācija. Tas ir pazīstams kā pareizs patogēna noteikšana saimniekaudos. Gluži pretēji, infekcija ir patogēna ķermeņa audu invāzija, lai izraisītu slimību.
