Galvenā atšķirība starp pluripotentajām un inducētajām pluripotentajām cilmes šūnām ir tā, ka pluripotentās šūnas ir nediferencētas mātes šūnas (no embrijiem utt.), Kurām ir dabiska spēja diferencēties dažādos šūnu tipos, savukārt inducētās pluripotentās cilmes šūnas ir somatiskas pieaugušo šūnas, kurām ir ģenētiski pārprogrammēts, lai parādītu īpašības, kas līdzīgas dabiskajām pluripotentajām cilmes šūnām.
Cilmes šūna ir nediferencēta šūna, kurai ir unikāla spēja attīstīties dažādās vai specializētās šūnās. Turklāt cilmes šūnas ir trīs veidu, proti, vienpotentās, pluripotentās un multipotentās. Ja cilmes šūna var diferencēties vienā, vairākos un visos šūnu tipos, tā ir attiecīgi pazīstama kā vienpotenta, multipotenta vai pluripotenta cilmes šūna. Starp iepriekšminētajiem trim veidiem svarīgas ir pluripotentās cilmes šūnas, jo tās var diferencēties visos šūnu tipos. Pluripotenta embrija cilmes šūna var attīstīties par veselu cilvēku.
