Galvenā atšķirība starp Iso un Sec organiskajā ķīmijā ir tā, ka mēs izmantojam terminu iso, lai nosauktu organisko savienojumu, kas satur visus oglekļa atomus, izņemot vienu, kas veido nepārtrauktu ķēdi, turpretī mēs izmantojam terminu sec, lai identificētu funkcionālo grupu, kas ir saistīta ar sekundāro oglekli atoms.
Organiskajā ķīmijā ir daudz prefiksu, kurus mēs izmantojam, lai identificētu savienojumos esošās grupas un nosauktu organiskās molekulas, lai tās atšķirtu viena no otras. Turklāt labāka nomenklatūras sistēma var nosaukt pat ļoti sarežģītu molekulu. Piem.: IUPAC nomenklatūra ir labākā nomenklatūras sistēma, kas sniedz katru sīkumu par ķīmiskā savienojuma struktūru.
