Galvenā atšķirība starp medicīnisko ķīmiju un farmaceitisko ķīmiju ir tā, ka zāļu ķīmija nodarbojas ar jaunu ķīmisko savienojumu projektēšanu, optimizēšanu un izstrādi, lai tos izmantotu kā narkotikas, savukārt farmaceitiskā ķīmija nodarbojas ar zāļu izpēti un to attīstību.
Gan zāļu ķīmija, gan farmaceitiskā ķīmija attiecas uz zālēm vai zālēm, kuras mēs izmantojam dažādu slimību ārstēšanai. Abās šajās jomās tiek apspriesta zāļu izstrāde un izstrāde ar ļoti nelielām atšķirībām. Viena no šādām atšķirībām ir tā, ka ārstnieciskā ķīmija izpēta ne tikai zāles, bet arī šo zāļu darbības mehānismus mūsu ķermenī.
