Galvenā atšķirība starp fluorescenci un fosforescenci ir tā, ka fluorescence apstājas, tiklīdz mēs atņemam gaismas avotu, turpretī fosforescence mēdz palikt nedaudz ilgāk pat pēc apstarojošā gaismas avota noņemšanas.
Kad molekula vai atoms absorbē enerģiju, tajā var notikt dažādas izmaiņas. Fluorescence un fosforescence ir divi šādi procesi. Papildus iepriekšminētajai galvenajai atšķirībai starp šiem diviem terminiem ir dažas citas atšķirības, piemēram, fluorescences procesā izdalītā enerģija ir augstāka nekā fosforescencē.