Galvenā atšķirība - SDS lapa pret vietējo lapu
SDS un dzimtā lapa ir divu veidu poliakrilamīda gēla elektroforēzes paņēmieni, ko izmanto molekulārajā bioloģijā. Galvenā atšķirība starp SDS lapu un vietējo lapu ir izmantotā poliakrilamīda gela tips. SDS Page tiek izmantots denaturējošs gēls, tāpēc molekulas tiek atdalītas, pamatojoties uz to molekulmasu. Turpretī vietējā lapā tiek izmantoti nedenaturējoši želejas. Tāpēc molekulas tiek atdalītas, pamatojoties uz to lielumu, lādiņu un formu.
Poliakrilamīda gēla elektroforēze (lappuse) izmanto gēlu, kas izgatavots, polimerizējot akrilamīda monomērus ar metilēnbisakrilamīdu. Poliakrilamīds ir izturīgāks un izturīgāks pret karstumu nekā agaroze. Poliakrilamīda gēliem ir mazāks poru izmērs, kas ļauj efektīvi atdalīt olbaltumvielas. Ir divi galvenie lapu iestatīšanas veidi, proti, SDS lapa un vietējā lapa. SDS Page vai nātrija-dodecilsulfāta poliakrilamīda gēla elektroforēze atdala olbaltumvielas, pamatojoties uz to molekulmasu. SDS lappusē tiek izmantoti denaturējošie želejas. Vietējā lapa izmanto nedenaturējošus gēlus un atdala olbaltumvielas pēc to lieluma, lādiņa un formas (3D konformācija).
SATURS
1. Pārskats un galvenās atšķirības
2. Kas ir DDL
3. lapa. Kas ir vietējā lapa
4. Līdzības starp DDL lapu un vietējo lapu
5. Blakus salīdzinājums - DDL lapa salīdzinājumā ar vietējo lapu tabulas formā
6. Kopsavilkums
Kas ir SDS lapa?
SDS Page ir visizplatītākā elektroforētiskā metode, ko izmanto olbaltumvielu atdalīšanai, pamatojoties uz to molekulmasu. Gelu ražo, pievienojot SDS (nātrija dodecilsulfātu), kas ir mazgāšanas līdzeklis. SDS proteīnu proteīnus monomēros. SDS ir anjonu mazgāšanas līdzeklis. Tāpēc tas olbaltumvielām pievieno tīru negatīvu lādiņu plašā pH diapazonā. Kad olbaltumvielu molekulām tiek piešķirts neto negatīvais lādiņš, lādiņa variācijas dēļ sarežģītās struktūras tiek sadalītas. Negatīvā lādiņa dēļ proteīni piesaista pozitīvā gala virzienā. Tādējādi molekulas ar mazāku molekulmasu ātrāk pārvietojas pa gēla matricu un tās var novērot tuvu anodam, savukārt lielākas molekulmasas olbaltumvielas tiek novērotas tuvāk urbumiem.
01. attēls: DDL lapa
SDS saistīšanās ar polipeptīda ķēdi ir proporcionāla tās relatīvajai molekulmasai. Tāpēc molekulāro masu var noteikt arī ar SDS. SDS Page gēlu krāsošana tiek veikta ar bromfenola zilo krāsošanu. SDS lapu diapazons tiek izmantots lielākā mērā, kur to var izmantot, lai novērtētu relatīvo molekulmasu un noteiktu relatīvo olbaltumvielu daudzumu olbaltumvielu maisījumā. SDS Page var izmantot arī, lai noteiktu olbaltumvielu sadalījumu olbaltumvielu maisījumā. SDS lapa tiek izmantota arī olbaltumvielu attīrīšanai un novērtēšanai. To izmanto kā provizorisku metodi rietumu blotēšanai un hibridizācijai, ko savukārt izmanto olbaltumvielu kartēšanai un identificēšanai.
Kas ir vietējā lapa?
Vietējā poliakrilamīda gēla elektroforēzē (vietējā lapa) tiek izmantots nedenaturējošs gēls. Tāpēc SDS vai kāds cits denaturējošs līdzeklis netiek pievienots gēla matricai. Vietējā lapā olbaltumvielu atdalīšana balstās uz olbaltumvielu lādiņu un lielumu. Tāpēc olbaltumvielu mobilitāte ir atkarīga no olbaltumvielu lādiņa un lieluma.
Olbaltumvielu lādiņš ir atkarīgs no aminoskābju sānu ķēdēm. Ja sānu ķēdes ir negatīvi uzlādētas, olbaltumviela saņems vispārēju negatīvu lādiņu un otrādi. Olbaltumvielas saglabā 3D konformāciju notiekošās locīšanas dēļ. Saliekšanās rodas no vairākiem olbaltumvielu saites veidiem, piemēram, disulfīdu saites, hidrofobās mijiedarbības un ūdeņraža saites. Tāpēc, ja dzimtā lapa tiek nēsāta ar neitrālu pH līmeni, olbaltumvielas tiks atdalītas atbilstoši olbaltumvielu molekulārajai formai. Tādēļ vietējo lapu var izmantot kā jutīgu paņēmienu, lai noteiktu olbaltumvielu lādiņa vai konformācijas izmaiņas.
Galvenā vietējās lapas priekšrocība ir tā, ka lapas analīzei izmantoto proteīnu pēc lapas analīzes var atgūt sākotnējā stāvoklī, jo olbaltumviela procesa laikā netiek traucēta. Vietējā lapa ir salīdzinoši augstas caurlaidspējas metode, un olbaltumvielu stabilitāte ir palielināta.
02. attēls: vietējā lapa
Pēc gēla darbības beigām Native Page gēlu var apskatīt, nokrāsojot ar bromfenola zilu vai jebkuru citu piemērotu krāsošanas reaģentu. Vietējās lapas pielietojums ietver skābu olbaltumvielu, tostarp glikoproteīnu, piemēram, cilvēka rekombinantā eritropoetīna, atdalīšanu vai olbaltumvielu identificēšanu liellopu seruma albumīnā (BSA).
Kādas ir SDS lapas un vietējās lapas līdzības?
- Gan SDS Page, gan Native Page sistēmās par gēla matricu tiek izmantots poliakrilamīda gēls.
- Abi tiek izmantoti olbaltumvielu atdalīšanai un identificēšanai.
- Abi savienojumu atdalīšanai izmanto elektroforētisko kustīgumu.
- Abus var veikt vertikālā vai horizontālā veidā (pārsvarā tos var veikt kā vertikālas lapas iestatīšanas, jo darbības ilgums ir lielāks).
- Elektroforēzes aparāts, ieskaitot gēla tvertni, ķemmes, strāvas padeve ir nepieciešama abu metožu darbībai.
- Gēla vizualizāciju var veikt, krāsojot abas metodes.
Kāda ir atšķirība starp SDS lapu un vietējo lapu?
Atšķirīgs raksts vidū pirms tabulas
SDS lapa pret vietējo lapu |
|
| SDS lapa vai nātrija dodecilsulfāta lapa atdala olbaltumvielas, pamatojoties uz to molekulmasu, un tajā tiek izmantots denaturējošs gēls. | Vietējā lapa izmanto nedenaturējošus gēlus un atdala olbaltumvielas pēc to lieluma, lādiņa un formas (3D konformācija). |
| Gela tips | |
| SDS lappusē tiek izmantots denaturējošs gēls. | Dzimtā lapā tiek izmantots nedenaturējošs gēls. |
| SDS klātbūtne | |
| SDS ir klāt kā mazgāšanas līdzeklis, lai SDS lapā paraugam piešķirtu negatīvu lādiņu. | SDS nav vietējā lapā. |
| Atdalīšanas pamats | |
| Olbaltumvielu atdalīšana ir atkarīga no olbaltumvielu molekulmasas SDS lapā. | Atdalīšana ir atkarīga no olbaltumvielu molekulas lieluma un formas dzimtajā lapā. |
| Olbaltumvielu stabilitāte | |
| SDS lapā olbaltumvielu stabilitāte ir zema. | Dzimtā lapā olbaltumvielu stabilitāte ir augsta. |
| Sākotnējā proteīna atgūšana | |
| Nav iespējams, jo tas ir denaturēts SDS lapā. | Iespējams dzimtajā lapā. |
Kopsavilkums - SDS lapa pret vietējo lapu
SDS Page un Native Page ir divu veidu poliakrilamīda gēla elektroforēzes paņēmieni, ko izmanto olbaltumvielu atdalīšanai. SDS lapa tiek apstrādāta ar mazgāšanas līdzekli, ko sauc par SDS. SDS piešķir olbaltumvielai vispārēju negatīvu lādiņu, kura rezultātā rodas olbaltumvielu denaturācija. Tāpēc olbaltumvielas tiek atdalītas, pamatojoties uz to molekulmasu. Turpretī Native Page tehnikā netiek izmantots neviens denaturējošs līdzeklis. Tādējādi olbaltumvielas tiek vai nu atdalītas, pamatojoties uz to lielumu vai formu. Šī ir atšķirība starp SDS lapu un vietējo lapu.
