Galvenā atšķirība - PCR grunts un secības grunts
Līdz ar nesenajiem sasniegumiem molekulārās bioloģijas jomā tika izstrādātas dažādas ģenētiskās metodes, kas padarīja pētāmo procesu dažādos priekšmeta veidos vieglus un precīzus. PCR un citas sekvencēšanas procedūras ir divas svarīgas šādas metodes. Viņi izmanto dažādus apakškomponentus. Primeri tiek uzskatīti par galveno apakškomponentu, kas ir kopīgs gan PCR, gan sekvencēšanas paņēmieniem. PCR praimeri tiek izmantoti konkrētas DNS sekvences amplifikācijai, savukārt sekvencēšanas praimeri tiek izmantoti DNS fragmenta sekvencēšanas kontekstā ar nolūku atklāt tā specifisko nukleotīdu secības secību. Šī ir galvenā atšķirība starp PCR primeriem un sekvencējošiem primeriem.
SATURS
1. Pārskats un galvenās atšķirības
2. Kas ir PCR gruntskrāsas
3. Kas ir sekvencēšanas gruntskrāsas
4. PCR gruntskrāsu un sekvencēšanas gruntskrāsu līdzības
5. Blakus salīdzinājums - PCR gruntskrāsas un sekvencēšanas grunts tabulas veidā
6. Kopsavilkums
Kas ir PCR primeri?
Polimerāzes ķēdes reakcija (PCR) ir ģenētiska metode, kas tiek izmantota molekulārās bioloģijas jomā, lai pastiprinātu atsevišķas vai dažas konkrēta DNS segmenta kopijas un iegūtu daudzus miljonus identisku kopiju. PCR reakcijā tiek izmantoti dažādi komponenti, ieskaitot gruntējumus. Primeri ir īsas DNS virknes, kuru nukleotīdu garums ir 18-25, padarot tos saderīgus ar amplificējamo DNS fragmentu sākuma un beigu reģionu. Grunti var būt grunts uz priekšu un atpakaļgaitas grunts. Šie grunti saistās ar DNS fragmentu noteiktos punktos, kur tā liek DNS polimerāzei saistīties ar konkrēto grunti tajā vietā un sākt jaunās DNS virknes sintēzi.
Gruntskrāsu atlase ir svarīgs PCR procesa aspekts. Svarīga ir grunts garuma izvēle. Ideāls garums būtu 18-25 nukleotīdi. Ja garums ir pārāk īss vai pārāk garš, grunts nesaistīsies ar DNS sekvenci, lai to precīzi pastiprinātu. Pārāk īsa garuma grunti noved pie nespecifiska grunts atlaidināšanas dažādās DNS secības vietās.
01. attēls: PCR grunti
Guanīna un citozīna (GC) saturam labā primerā jābūt robežās no 40-60. Grunts atkausēšanas temperatūra un kušanas temperatūra ir vitāli svarīgi faktori PĶR laikā. Kausēšanas temperatūra jāaprēķina precīzi, un grunts atkausēšanas temperatūrai jābūt par 5 0 C zemākai par kušanas temperatūru. Kušanas temperatūrai jābūt 60 ° C un 75 ° C. Pārāk augsta vai pārāk zema temperatūra izraisīs mazāk aktīvu DNS polimerāzes aktivitāti.
Kas ir sekvencēšanas grunti?
Sekvencēšanas grunti tiek izmantoti DNS fragmenta sekvencēšanas kontekstā ar nolūku atklāt tā specifisko identitāti. Lai iegūtu labus sekvencēšanas rezultātus, ir svarīgi augstas kvalitātes gruntskrāsas un veidnes. Tādējādi, izvēloties gruntējumus, tiem jābūt unikāliem noteiktā reģionā, kur mēs vēlamies secību. Tam vajadzētu būt arī ar pareizu orientāciju, kur secības parasti tiek veidotas no primeru 3 'līdz 5' galiem. Secībā nedrīkst būt nevēlama pašhibridizācija, piemēram, matadata cilpu veidošanās. Tajā nedrīkst būt secīga Guanīna bāzes veidošanās.
Grunts kušanas temperatūrai (Tm) jābūt piemērotai sekvencēšanas apstākļiem. Tādēļ, tas ir robežās starp 52 ° C un 74 ° C. sagatavošana oligonukleotīdu, ko izmanto kā primer būtu attīra, lai iegūtu gribēja pilna garuma secības. Ja oligonukleotīdi satur piemaisījumus, primer secības signalizācija tiks uzlikta no dažādām primēšanas vietām, un tas arī samazinās bāzes šūnu skaitu.
02. attēls: secības grunts
Oligonukleotīda grunts kušanas temperatūra (Tm) nosaka, cik spēcīgi komplementārās DNS virknes tiek savstarpēji hibridizētas. Tm var uzskatīt par termodinamisku aprēķinu, kur tas ir atkarīgs gan no DNS sekvencēm, gan no vairākiem apstākļiem, piemēram, sāls koncentrācijas. Tm ir svarīgs PĶR laikā, kur variantu, ko sauc par cikla secību, izmanto, lai izveidotu ar dideoksinukleotīdu noslēgtu fragmentu grupu. Šeit sekvencētais grunts sākotnēji tiks atlaidināts, pēc tam pagarināts un visbeidzot denaturēts amplifikācijai. Tāpēc Tm vērtībai jābūt starp 52 o C un 74 oC. Sintezētos oligonukleotīdus pēc izvēles var iegūt DNS / RNS sintēzes laboratorijās. Neliels sintēzes mērogs, ko izmanto DNS sekvencēšanai, parasti ir 50 nmol. Vissvarīgākais ir tas, ka sekvencēšanai izmantotie grunti ir jāattīra, lai tajos nebūtu piemaisījumu, kas novērsīs kvalitātes samazināšanos.
Kādas ir PCR primeru un sekvencējošo primeru līdzības?
- Gan PCR, gan sekvenējošie primeri ir primeri, kurus izmanto mērķtiecīgas DNS sekvences amplifikācijas procesā.
- Gan PCR, gan sekvenējošie primeri sastāv no nukleotīdiem.
- Gan PCR, gan sekvenējošie primeri ir īsi oligomēri.
Kāda ir atšķirība starp PCR primeriem un secības primeriem?
Atšķirīgs raksts vidū pirms tabulas
PCR grunts un secības grunts |
|
| PCR primeri ir īsi DNS pavedieni ar nukleotīdu secības garumu 18-25, padarot tos saderīgus ar amplificējamo DNS fragmentu sākuma un beigu reģionu. | Sekvencēšanas grunti ir īsi oligomēri, kurus izmanto DNS fragmenta sekvencēšanas kontekstā ar nolūku atklāt tā specifisko identitāti. |
| Funkcija | |
| PCR praimerus izmanto konkrētas DNS secības amplifikācijai. | Sekvencēšanas grunti tiek izmantoti DNS fragmenta sekvencēšanas kontekstā ar nolūku atklāt tā specifisko identitāti. |
| Nepieciešamo gruntējumu skaits | |
| Divi grunti; viens PCR primers tiek izmantots uz priekšu un viens reverse primer. | Nepieciešams tikai viens grunts kā secības grunts. |
Kopsavilkums - PCR primers vs sekvencēšanas primers
Sekvencēšanas grunti tiek izmantoti DNS fragmenta sekvencēšanas kontekstā ar nolūku atklāt tā specifisko identitāti. Lai palaistu procesu, pietiks ar vienu sekvencēšanas grunti. Lai iegūtu labus secības rezultātus, svarīgas ir augstas kvalitātes gruntskrāsas un veidnes. Tādējādi, izvēloties gruntējumus, tiem jābūt unikāliem noteiktā reģionā, kur mēs vēlamies secību. PCR primeri ir īsi DNS pavedieni ar nukleotīdu garumu 18-25, kas ir saderīgi ar amplificējamo DNS fragmentu sākuma un beigu reģionu. PCR grunts var būt primer un reverse primer. Guanīna un citozīna (GC) saturam labā primerā jābūt robežās no 40-60. Grunts atkausēšanas temperatūra un kušanas temperatūra ir vitāli svarīgi aspekti PĶR laikā. Šī ir atšķirība starp PCR primeriem un sekvencēšanas primeriem.
