Galvenā atšķirība - Blunt vs Sticky End Ligation
Ierobežojošās endonukleāzes ir specifiski fermenti, kas sagriež divkāršu DNS (dsDNS). Molekulārajā bioloģijā tie ir pazīstami arī kā molekulārās šķēres. Ierobežojošie fermenti spēj atpazīt specifiskas īsas dsDNS sekvences, kas pazīstamas kā atpazīšanas vietas, un sašķeļ fosfodiesteru un ūdeņraža saites, lai atvērtu dubultos pavedienus. Šo enzīmu šķelšanās rezultātā tiek ražoti DNS fragmenti ar dažāda veida galiem, piemēram, lipīgiem un neasiem galiem. DNS ligāze ir ferments, ko molekulārajā bioloģijā izmanto, lai savienotu divus blakus esošos DNS pavedienus, veidojot jaunas saites. Šis solis ir pazīstams kā ligācija, un atbilstoši DNS sasaistītā gala tipam tos var saukt par neasu un lipīgu gala sasaisti. Galvenā atšķirība starp neasu un lipīgu gala sasaisti ir tāda, ka neasa gala sasiešana notiek starp DNS fragmentiem, kas satur divus neasus galus, turpretī lipīga gala sasiešana notiek starp 5 'un 3' pārkarēm. Salīdzinot ar neasu gala sasaisti, lipīga gala sasiešana ir efektīvāka un stabilāka.
SATURS
1. Pārskats un galvenās atšķirības
2. Kas ir neass gala savienojums
3. Kas ir lipīgs gala savienojums
4. Blakus salīdzinājums - Blunt vs Sticky End Ligation
5. Kopsavilkums
Kas ir strupu tiesvedība?
Dažas restrikcijas endonukleāzes var sagriezt DNS pretējos pamatos un radīt neasus DNS fragmentus. Šie fermenti ir pazīstami kā strupie gala griezēji; tie sadalās taisni uz leju līdz ierobežošanas vietas vidum, neatstājot vienpavediena pārkares pamatnes. Neasos galus sauc arī par galiem, kas nepārkaras, jo to galos nav 3 'un 5' izvirzītu pamatu. Abi pavedieni beidzas no bāzes pāriem strupos galos. Parastie neasu griešanas enzīmi ir EcoRV HaeIII, AluI un SmaI.
Starp diviem strupiem galiem ir iesaistīta neasu galu sasiešana. Tā nav izvirzītu pamatu sasiešana. Šī sasiešana ir mazāk efektīva nekā lipīga gala sasiešana. Tomēr dažos gadījumos neasa gala ligācija kļūst izdevīgāka nekā lipīga gala ligācija, īpaši, ja tiek piesaistīti PCR produkti. PCR produktus vienmēr ražo ar neasiem galiem. Neasai gala ligēšanai nav nepieciešami komplementāri DNS sasaistes gali.
01. attēls: Eco RV fermenta strupā gala ražošana
Kas ir lipīga gala saistīšana?
Dažas restrikcijas endonukleāzes ir spējīgas sagriezt dsDNS, beigās atstājot vienvirziena DNS pārlieku lielu gabalu. Šie gali ir pazīstami kā lipīgi vai pārkarami gali. Līmējošā gala ligācija notiek starp diviem DNS fragmentiem, kuriem ir atbilstošas pārkares, jo lipīgajiem galiem ir nesapārotas bāzes un, lai izveidotu saites, nepieciešamas papildu bāzes. Tādējādi, lai iegūtu atbilstošus ligējošos fragmentus, abiem DNS avotiem ir jāizmanto viens un tas pats restrikcijas ferments.
Lipīgo galu sasiešana ir efektīvāka un bieži vien ir ļoti vēlama klonēšanas procesos. Ir vairāki restrikcijas fermenti, kas ražo lipīgus galus. Tie ir EcoRI, BamHI, HindIII utt.
02. attēls: Lipīga gala ražošana ar Eco RI fermentu
Kāda ir atšķirība starp strupajiem un lipīgajiem galiem?
Atšķirīgs raksts vidū pirms tabulas
Blunt vs Sticky End Ligation |
|
| Neasu galu sasiešana notiek starp diviem strupiem DNS fragmentiem. | Lipīga gala ligācija notiek starp diviem atbilstošiem DNS fragmentiem ar lipīgiem galiem. |
| Fermenti | |
| Neasie gala griezēji rada neasus galus. | Lipīgu galu griezēji rada lipīgus vai saliedētus galus. |
| Prasība pēc saskaņošanas | |
| Tas neprasa atbilstošus fragmentus vai papildu bāzes. | Lai izveidotu pamatu pārus, to galos ir nepieciešamas papildu bāzes. |
| Efektivitāte | |
| Tas ir mazāk efektīvs nekā lipīga gala sasiešana | Tā ir efektīvāka nekā neasa gala sasiešana. |
Kopsavilkums - Blunt vs Sticky End Ligation
Ierobežojošās endonukleāzes spēj sašķelt dsDNS un ražot DNS fragmentus ar dažādiem galiem. Viņi atpazīst specifiskas sekvences un ierobežo DNS, veidojot lipīgus un strupus galus. Lipīgajiem galiem fragmentu galā ir nesaistītas pamatnes. Neasie gali ir izveidoti taisnas šķelšanās dēļ, un to galos ir bāzes pāri. Ar lipīgu gala ligāciju ir nepieciešami divi komplementāri vienpavediena DNS gabali. Blunt end ligation notiek starp jebkuriem diviem neasiem galu fragmentiem. Šī ir atšķirība starp strupu un lipīgu sasaisti.
