Galvenā atšķirība starp hromatofokusēšanu un izoelektrisko fokusēšanu ir tāda, ka hromatofokusēšana ir kolonnu hromatogrāfijas metodes veids, kurā izmanto jonu apmaiņas sveķus, savukārt izoelektriskā fokusēšana ir elektroforēzes paņēmiena veids, kurā izmanto imobilizētus pH gradienta gēlus.
Hromatofokusēšana un izoelektriskā fokusēšana ir divas metodes, kas olbaltumvielas atdala atbilstoši to izoelektriskajiem punktiem. Gan hromatofokusēšanai, gan izoelektriskajai fokusēšanai ir liela izšķirtspēja. Hromatofokusēšana ir augstas izšķirtspējas kolonnu hromatogrāfijas metode, bet izoelektriskā fokusēšana ir elektroforētiskās atdalīšanas metode. Turklāt hromatofokusēšanā neizmanto elektrisko lauku, savukārt izoelektriskajai fokusēšanai nepieciešams elektriskais lauks.
