Galvenā atšķirība starp polisaharīdu un konjugētajām vakcīnām ir tā, ka polisaharīdu vakcīnas kā antigēnus satur tikai brīvos polisaharīdus, savukārt konjugētās vakcīnas satur polisaharīdus kopā ar olbaltumvielu molekulu.
Polisaharīdu un konjugētās vakcīnas ir divu veidu vakcīnas. Lai stimulētu imūnreakciju, polisaharīdu vakcīnas kā antigēnu satur tikai polisaharīdu kapsulu. Tādēļ tie izraisa niecīgu imūnreakciju, salīdzinot ar konjugētām vakcīnām. Konjugētās vakcīnas satur polisaharīdus, kas konjugēti ar imunogēnu olbaltumvielu. Tādējādi tie izraisa spēcīgāku imūnreakciju. Turklāt konjugētās vakcīnas nodrošina B šūnu atmiņu un ilgstošu imunizāciju. Pašlaik konjugētās vakcīnas ir ievērojami aizstājušas polisaharīdu vakcīnas.
