Galvenā atšķirība starp histopatoloģiju un citoloģiju ir tā, ka histopatoloģija ir slimu audu izpēte, izmantojot mikroskopu, savukārt citoloģija ir atsevišķu ķermeņa šūnu izpēte.
Šūnas ir dzīves pamatstruktūras vienības. Slimību diagnostikas laikā medicīnā šūnas un veselus audus pārbauda patologi. Audu izpēte saistībā ar slimību ir pazīstama kā histopatoloģija. Turpretī viena šūnu tipa izpēte ir pazīstama kā citoloģija. Tāpēc histopatoloģija aplūko audus, bet citoloģija - atsevišķas šūnas.