Galvenā atšķirība starp antigēnu un fāžu variācijām ir tāda, ka antigēnu variācijas ir mehānisms, kas attiecas uz antigēnā atšķirīgu olbaltumvielu, ogļhidrātu vai lipīdu ekspresiju uz to virsmām, savukārt fāzes variācija ir atgriezeniska fenotipa ekspresijas ieslēgšana un izslēgšana.
Antigēna un fāzes variācija ir divu veidu molekulārie mehānismi, ko patogēni izmanto, lai izvairītos no saimnieka imūnās atbildes. Viņi ir saistīti viens ar otru. Šie mehānismi ļauj mikrobiem, īpaši baktērijām, pielāgoties vairāk nekā vienai videi. Fāzes un antigēnu variāciju rezultātā veidojas klonālo baktēriju populācijas heterogēns fenotips. Šajā populācijā atsevišķas šūnas izsaka fāzes mainīgos proteīnus vai vienu no daudzajām olbaltumvielu antigēnajām formām. Šīs variācijas galvenokārt ir virulences stratēģijas, ko realizē patogēni.
