Galvenā atšķirība starp fluxionalitāti un tautomerismu ir tāda, ka fluxionalitāte attiecas uz dažu vai visu molekulas atomu apmaiņu, savukārt tautomerisms attiecas uz protonu apmaiņu starp molekulām.
Abi termini “fluxionalitāte” un “tautomerisms” attiecas uz atoma (-u) apmaiņu starp dažādām pozīcijām, piemēram, aksiālo un ekvatoriālo pozīciju. Ja šīs atšķirīgās pozīcijas atrodas vienā molekulā, tad tā ir fluxionalitāte. Bet, ja atoms, kas tiek apmainīts, ir ūdeņraža atoms (protons) un pozīcijas atrodas divās dažādās molekulās, tad to sauc par tautomerismu.
