Galvenā atšķirība starp regulējošo un represora proteīnu ir tā, ka regulējošais proteīns var veicināt vai kavēt gēnu transkripciju. Tikmēr represora proteīns kavē viena vai vairāku gēnu ekspresiju.
Pirms turpināt diskusiju par atšķirību starp regulējošo un represora olbaltumvielām, īsi apspriedīsim gēnu regulāciju. Gēns ir specifiska nukleotīdu secība, kurā ģenētiskā informācija tiek slēpta, lai sintezētu olbaltumvielu. Gēnu izpausmi var regulēt dažādos veidos. Izmantojot dažādus mehānismus, šūnas kontrolē gēnu ekspresiju un to ekspresijas līmeni. Parasti gēnu regulēšana notiek transkripcijas līmenī. Regulējošie proteīni un represora proteīni ir divu veidu proteīni, kas iesaistīti gēnu regulācijā transkripcijas līmenī. Šie regulējošie proteīni un represora proteīni saistās ar noteiktu secību gēna tuvumā un ietekmē gēna transkripciju.
