Galvenā atšķirība starp mikoplazmu un hlamīdiju ir tā, ka mikoplazma ir baktēriju ģints, kurai nav šūnu sienas, savukārt hlamīdijas ir baktēriju ģints, kurā ietilpst gramnegatīvi un obligāti parazīti.
Mikoplazmas sugas ir vismazākās baktērijas, kas atklātas vēl, ar mazākajiem genomiem un minimālu ļoti būtisku organellu skaitu. Mikoplazma ir baktērijas bez sienas. Tādējādi viņiem nav noteiktas formas. Parasti tie ir sfēriski pret pavedienu formas šūnām. Turpretī hlamīdijas ir baktēriju ģints, kurai ir šūnu sienas. Tās ir gramnegatīvas baktērijas. Gan mikoplazma, gan hlamīdijas izraisa seksuāli transmisīvās slimības. Turklāt tie rada līdzīgus simptomus, taču tos var ārstēt ar dažādām antibiotikām.
