Galvenā atšķirība starp auksotrofiem un prototrofiem ir tā, ka auksotrofi ir mutanti mikroorganismi, kas ir zaudējuši spēju ražot noteiktu organisku savienojumu, kas nepieciešams to augšanai, savukārt prototrofi ir savvaļas tipa mikroorganismi, kas spēj radīt visus nepieciešamos organiskos savienojumus.
Mikroorganismi parāda dažādus uztura veidus. Īpaši baktērijām ir dažādas spējas. Dažas baktērijas spēj fotosintezēt un ražot paši savu pārtiku, savukārt dažas baktērijas dzīvo simbiotiskās attiecībās ar savu saimniekorganismu un iegūst barības vielas. Turklāt dažas baktērijas noārda organisko vielu un iegūst barības vielas. Auksotrofi un prototrofi ir divas mikroorganismu grupas, kas atšķiras pēc to spējas ražot organiskus savienojumus to augšanai. Prototrofi var sintezēt visus organiskos savienojumus, kas nepieciešami to augšanai, savukārt autotrofi nespēj radīt īpašu organisku savienojumu, kas mutācijas dēļ ir būtisks tā augšanai.
