Galvenā atšķirība starp epitēliju un endotēliju ir tā, ka epitēlijs ir audi, kas izklāj orgānu un asinsvadu ārējās virsmas, kā arī daudzu iekšējo orgānu dobumu iekšējās virsmas, savukārt endotēlijs ir audi, kas izklāj asins iekšējo virsmu asinsvadi un limfvadi.
Audi ir fiziski saistītu šūnu un ar tām saistītu starpšūnu vielu grupa, kas specializējas noteiktām funkcijām. Pamatojoties uz to struktūru un funkcijām, dzīvnieku ķermenī ir četri pamataudu veidi, piemēram, epitēlija audi, saistaudi, muskuļaudi un nervu audi. Epitēlija audi ir visu ārējo un iekšējo ķermeņa virsmu pārklājums. Tāpēc tas izklāj visu ādas ārējo virsmu, iekšējos dobumus un lūmenus, kā arī trauku ārējo un iekšējo virsmu.
Turklāt tie palīdz arī eksokrīnai funkcijai, veidojot dziedzerus. Ārējo epitēliju sauc par eksotēliju; tas ir epitēlijs, kas pārklāj ādu un orgānu oderi. Ir arī divi epitēlija apakštipi: mezoderma, kas izklāj iekšējās dobumus un lūmenus, un mezotelijs, kas aptver traukus un sirds kambarus. Tādējādi būtībā endotēlijs ir daļa no epitēlija audiem, kas palīdz ķermenim pasargāt sevi no bojājumiem.
