Galvenā atšķirība starp endotēliju un mezoteliju ir tā, ka endotēlijs ir vienkāršs plakanšūnu epitēlija šūnu slānis, kas izklāj visu asinsrites sistēmu, ieskaitot asinsvadus, limfas traukus un sirdi, savukārt mezotelijs ir vienkāršs plakanšūnu epitēlija šūnu slānis, kas izklāj galvenās ķermeņa dobumus, piemēram, vēderplēves, pleiras un perikarda.
Epitēlijs, mezotelijs un endotēlijs ir trīs veidu šūnu slāņi, kas izklāj mūsu iekšējos orgānus, ķermeņa dobumus un ādu. Tādējādi tie visi ir ķermeņa aizsargbarjeras. Strukturāli mezotelijs un endotēlijs ir specializēti vai modificēti epitēlija slāņi ar mezodermālu izcelsmi. Attiecīgi tos veido vienkāršas plakanās epitēlija šūnas. Gan mezotelijs, gan endotēlijs ir viena slāņa audi. Tie izklāj noteiktas iekšējās virsmas.
