Galvenā atšķirība starp endosimbiozi un simbiozi ir tā, ka endosimbioze ir teorija, kas apraksta, kā mitohondriji un hloroplasti nonāca eikariotu šūnās, savukārt simbioze ir ilgtermiņa mijiedarbība starp divām dažādām dzīvām sugām.
Organismi ekosistēmā dažādi mijiedarbojas. Simbioze ir mijiedarbība, kas pastāv starp divām dažādām sugām, kas dzīvo kopā. Dažas mijiedarbības ir izdevīgas abām pusēm, savukārt dažas mijiedarbības paliek neitrālas. Tomēr dažas citas mijiedarbības ir kaitīgas vienai pusei, īpaši saimniekorganismam, savukārt otra puse saņem pabalstus uz saimnieka rēķina. Mēs varam redzēt visus šos mijiedarbības veidus ekosistēmā. Tomēr šāda veida mijiedarbība ir būtiska ekosistēmas stabilitātei. Savukārt endosimbioze ir teorija, kas izskaidro eikariotu šūnas izcelsmi no prokariotu šūnas.
