Galvenā atšķirība starp endosimbiozi un invagināciju ir tāda, ka endosimbioze ir teorija, kas izskaidro mitohondriju un hloroplastu izcelsmi eikariotu šūnās, savukārt invaginācija ir process, kas izskaidro kodola un citu šūnu organellu izcelsmi, veidojot invagināciju no plazmas membrāna uz šūnas interjeru.
Zinātnieki uzskata, ka eikariotu šūnas ir attīstījušās no prokariotu šūnām. Viņi ir izstrādājuši daudzas teorijas, lai izskaidrotu, kā šī evolūcija ir notikusi. Endosimbioze ir viena no šādām teorijām, kas izskaidro mitohondriju un hloroplasta izcelsmi eikariotu šūnās no prokariotu baktērijām. Tā kā invaginācija ir process, kas izskaidro kodola un citu eikariotu šūnas iekšienē esošo membrānu izcelsmi.
