Galvenā atšķirība starp ĢMO un transgēnu organismu ir tā, ka ĢMO ir organisms, kuram ir mākslīgi mainīts genoms, savukārt transgēnisks ir ĢMO, kuram ir izmainīts genoms, kas satur DNS sekvenci vai citas sugas gēnu.
Ģenētiski modificētais organisms (ĢMO) un transgēnais organisms ir divi termini, kurus mēs lietojam savstarpēji. Abiem organismu tipiem ir mainīts genoms, kas ir mākslīgi modificēts. Tomēr ir neliela atšķirība starp ĢMO un transgēnu organismu. Lai gan abiem ir izmainīti genomi, transgēns organisms ir ĢMO, kas satur DNS sekvenci vai citas sugas gēnu. Tādējādi visi transgēnie organismi ir ĢMO, bet ne visi ĢMO ir transgēni.