Galvenā atšķirība starp FISH un CGH ir tā, ka FISH ir molekulāra metode, kas nosaka specifisku DNS sekvenci hromosomā, izmantojot fluorescējoši iezīmētas zondes, savukārt CGH ir vēl viena molekulārā citoģenētiskā metode, kas nosaka izmaiņas genomiskajā DNS.
Citogenētiskajai analīzei ir svarīga loma medicīnā, atklājot hromosomu anomālijas, piemēram, aneuploīdijas, svītrojumus, dublējumus un pārkārtojumus utt. Hromosomu patoloģijas galu galā noved pie tādām ģenētiskām slimībām kā vēzis, neauglība, Dauna sindroms, Klinefeltera sindroms, Tērnera sindroms, leikēmija utt. Iepriekš minēto defektu un slimību noteikšanai ir dažādas molekulārās citoģenētiskās metodes. Starp tiem FISH (fluorescējoša in situ hibridizācija) un CGH (salīdzinošā genomiskā hibridizācija) ir divi spēcīgi hibridizācijas paņēmieni. Tomēr abām metodēm ir plusi un mīnusi.
