Galvenā atšķirība starp formālo un neformālo organizāciju ir tā, ka formālās organizācijas tiek veidotas, lai sasniegtu kopīgu mērķi ar oficiālām attiecībām starp dalībniekiem, savukārt neoficiālas organizācijas tiek veidotas formālu organizāciju ietvaros, pamatojoties uz starppersonu attiecībām starp organizācijas locekļiem.
Gan formālās, gan neformālās organizācijas koncepcijas ir savstarpēji saistītas. Tas ir tāpēc, ka formālo organizāciju ietvaros ir daudz neformālu organizāciju. Turklāt formāla organizācija, kurai ir daudzu neformālo organizāciju atbalsts, ir efektīva un apmierinoša organizācija.
