Galvenā atšķirība starp klonu, izmantojot sekvencēšanu ar klonu, un šaujamieroču secību ir viņu uzvedības metodē. Klons ar klonu sekvencēšanas metodi ietver hromosomu kartēšanu un klonēšanu pirms sekvencēšanas, savukārt klonēšana ar šaujamieroču secību sekvencēšanas laikā izlaiž gan hromosomu kartēšanu, gan klonēšanas darbības.
Klons ar klonu secību un klons ar šaujamieroču secību ir divas mūsdienu genoma sekvencēšanas metodes. Klons ar klonu secību ir uzticamāka sekvencēšanas metode. Tomēr klona metode ar šautenes secību ir ātrāka un lētāka. Rakstā galvenā uzmanība tiek pievērsta smalkai atšķirībai starp klonu, veicot sekvencēšanu ar kloniem, un šaujamieroču secību.
