Galvenā atšķirība starp ektomikorrhizām un endomikorizām ir tā, ka sēnīšu hifas neiekļūst ektomikorrhizās esošo augu sakņu garozas šūnās, savukārt sēnīšu hifas iekļūst endomikorrhizās esošo augu sakņu garozas šūnās.
Mikorizas ir svarīgas simbiotiskas attiecības, kas rodas starp sēnēm un augstāko augu saknēm. Gan sēnītes, gan augi gūst labumu no šīs asociācijas. Sēnīšu hifas iekļūst augsnē un baro augus ar barības vielām, savukārt augi arī dod labumu sēnēm. Tādējādi tās ir ekoloģiski svarīgas attiecības. Vissvarīgākais ir tas, ka sēnīšu hifas var izaugt vairākus metrus un transportēt ūdeni un barības vielas, jo īpaši slāpekli, fosforu, kāliju uz saknēm. Turklāt mikorizas asociācija aizsargā augu no sakņu patogēniem. Tādējādi barības vielu deficīta simptomi retāk parādās augos, kuri atrodas šajās simbiotiskajās asociācijās. Ir divu veidu mikorizas: ektomikorrhiza un endomikoriza.
