Galvenā atšķirība starp transformāciju un transdukciju ir tāda, ka transformācija ir mehānisms, kas maina baktēriju ģenētisko materiālu, tieši uzņemot eksogēnu ģenētisko materiālu no apkārtnes caur šūnu membrānu un iekļaujot to genomā, savukārt transdukcija ir svešas DNS injekcija ar bakteriofāga vīruss saimniekbaktērijā.
Konjugācija ir labi pazīstama DNS rekombinācijas metode, kuru var atrast gan eikariotos, gan prokariotos. Zinātnieki ir atklājuši, ka ir iespējams pārnest DNS no vienas baktēriju šūnas uz otru ar diviem citiem mehānismiem: transformāciju un transdukciju. Līdzīgi kā konjugācija, šie divi mehānismi pārnes DNS vienā virzienā, un rekombinācija notiek starp alēlēm homoloģiskos DNS reģionos. Abi mehānismi pārnes ļoti nelielu daudzumu DNS un nepārnes visu šūnu hromosomu.
