Galvenā atšķirība starp glioksisomām un peroksisomām ir tā, ka glikoksisomas ir tikai augu šūnās un pavedienu sēnēs, savukārt peroksisomas ir gandrīz visās eikariotu šūnās. Glicisomu ir daudz dīgstošu sēklu augu šūnās, savukārt peroksisomu - aknu un nieru šūnās.
Šie divi organelli ir mikroķermeņi, kas atrodas eikariotu šūnās. Glioksisomas ir specializētas peroksisomas, kas sastopamas tikai augu šūnās un pavedienu sēnēs. Peroksisomas ir organoīdi, kas palīdz noārdīt garās taukskābju ķēdes un detoksicēt šūnu. Tie noārda spirtus un citus kaitīgus savienojumus.
