Galvenā atšķirība starp koenzīmu un kofaktoru ir tā, ka koenzīmi ir organiskas molekulas, turpretim kofaktori var būt vai nu organiskas, vai neorganiskas molekulas.
Fermenti ir būtiskas bioloģiskas makromolekulas. Tie ir bioloģiskie katalizatori, kas ļoti maigos apstākļos palielina bioloģisko reakciju ātrumu. Turklāt fermenti ir olbaltumvielas; tādējādi, pakļaujot tiem lielu siltuma, sāls koncentrācijas, mehānisko spēku, organisko šķīdinātāju un koncentrētu skābes vai bāzes šķīdumu līmeni, tie mēdz denaturēties. Dažreiz fermentiem ir nepieciešama citas molekulas vai jonu atbalsts, lai tiem būtu īpaša funkcija. Koenzīmi un kofaktori ir šādas molekulas.
