Galvenā atšķirība starp nukleotīdu un nukleozīdu ir tā, ka nukleotīds satur fosfātu grupu, bet nukleozīdam trūkst fosfātu grupas.
Nukleozīdi un nukleotīdi ir līdzīga veida molekulas, kas atšķiras ar nelielām strukturālām izmaiņām. Gan nukleotīdu, gan nukleozīdu veido divi un tie paši komponenti; pentozes cukurs un slāpekļa bāze. Turklāt nukleotīdam ir viena vai vairākas fosfātu grupas. Tādējādi, pievienojot fosfātu grupu, nukleozīdu var pārveidot par nukleotīdu ar fermentiem, kurus sauc par kināzi. Nukleotīds ir nukleīnskābju celtniecības elements. No otras puses, nukleozīdi ir labas pretvēža un pretvīrusu vielas.
