Galvenā atšķirība starp izopentānu un neopentānu ir tā, ka izopentāns satur četru locekļu oglekļa ķēdi ar vienu metilgrupu, kas pievienota šai ķēdei pie ķēdes otrā oglekļa atoma, savukārt neopentāns satur vienu oglekļa centru, kas piesaistīts četrām metilgrupām.
Izopentāns un neopentāns ir viens otra strukturālie izomēri. Tādēļ abiem šiem savienojumiem ir vienāda ķīmiskā formula; C 5 H 12. Tomēr, ņemot vērā atšķirību starp izopentānu un neopentānu to ķīmiskajās struktūrās, tiem ir atšķirīgas ķīmiskās un fizikālās īpašības. Vēl viena ievērojama atšķirība starp izopentānu un neopentānu ir tā, ka izopentāns pastāv kā bezkrāsains šķidrums, savukārt neopentāns ir bezkrāsaina gāze standarta temperatūrā un spiedienā.
