Galvenā atšķirība starp apomorfiju un plesiomorfiju ir tāda, ka apomorfija attiecas uz raksturlielumu, kas raksturīgs tikai kladam un ir sastopams visos šīs konkrētās klades pēctečos, savukārt plesiomorfija attiecas uz raksturlielumu, kas atrodas kladē, bet var nebūt visi klada locekļi.
Filogenētikā kladistika ir apgabals, kas organismus klasificē kladēs vai grupās, pamatojoties uz īpašībām, kuras pārmanto senči. Tas ir ļoti uzticams pētījumu veids, kas palīdz analizēt evolūcijas un filoģenētiskās attiecības. Katras klades raksturlielumus, piemēram, apomorfiju, plesiomorfiju, autapomorfiju, sinapomorfiju un homoplaziju, var aprakstīt dažādās terminoloģijās utt. Starp tiem apomorfija un plesiomorfija ir relatīvi termini. Šajos pētījumos datorizēta programmatūra ir patiešām noderīga, lai izpētītu Apomorfijas un Plesiomorfijas īpašības un iezīmes.
