Galvenā atšķirība starp fluorūdeņražskābi un sālsskābi ir tā, ka fluorūdeņražskābe ir vāja skābe, savukārt sālsskābe ir spēcīga skābe. Fluorūdeņražskābe spēj veidot ūdeņraža saites, savukārt sālsskābe nespēj veidot ūdeņraža saites.
Turklāt vēl viena būtiska atšķirība starp fluorūdeņražskābi un sālsskābi ir to molekulārajā struktūrā. Fluorūdeņražskābes molekulā ir fluora jons, savukārt sālsskābes molekulā ir hlorīda jons. Turklāt gan fluora, gan sālsskābe ir protonu donori. Tādēļ šīs skābes molekulas var jonizēt ūdens vidēs, atbrīvojot protonus (H +). Šie protoni izraisa skābumu ūdens vidē.
