Galvenā atšķirība starp prokariotu un eikariotu ģenētisko materiālu ir tāda, ka prokariotu ģenētiskais materiāls peld citoplazmā, jo tiem nav kodola, kamēr eikariotu ģenētiskais materiāls atrodas kodola iekšienē. Vēl viena būtiska atšķirība ir tā, ka prokariotiem ir mazs genoms un tie satur plazmīdas. Viņiem ir arī liela saritināta divkāršu cirkulārā hromosoma, turpretī eikariotiem ir lielāks genoms un tajos nav plazmīdu.
Prokarioti un eikarioti ir divu veidu organismi. Baktērijas un Arhejas ir prokariotes. Prokariotiem ir vienkārša šūnu organizācija. Viņiem nav kodola un patieso organellu. No otras puses, eikariotiem ir sarežģīta šūnu organizācija ar membrānu saistītu kodolu un patiesajiem organoīdiem. Sēnes, protisti, augi un dzīvnieki ir eikarioti.
