Galvenā atšķirība starp prokariotu un eikariotu genomu ir tā, ka prokariotu genoms atrodas citoplazmā, kamēr eikariotu genoms ir norobežots kodolā.
Genoms attiecas uz visu organisma DNS kolekciju. Citiem vārdiem sakot, genoms ir organisma ģenētiskais materiāls, kas satur kopējo ģenētisko informāciju. Lielākajai daļai organisma ir genoms, kas izgatavots no DNS. Tomēr daži genomi ir balstīti uz RNS. Piemēram, dažiem vīrusiem ir RNS genomi. Apsverot organisma kopējo ģenētisko materiālu, tajā nav iekļauti tikai gēni vai kodējošās sekvences. Tas ietver gan gēnus, gan nekodējošas DNS sekvences.
Tā kā ģenētiskā informācija atrodas genomā gēnu formā, olbaltumvielu ražošanai gēni tiek pakļauti transkripcijai un tulkošanai. Starp prokariotu un eikariotu genoma ekspresijas procesiem ir atšķirība. Turklāt abu genomu uzglabāšana un replikācija ir atšķirīga arī starp prokariotiem un eikariotiem. Bet DNS struktūra abos organismos paliek nemainīga (Double Helix). Galvenā atšķirība starp prokariotu un eikariotu genomu ir saistīta ar organismu šūnu organizāciju un vietu, kur atrodas genoms.
