Galvenā atšķirība starp epistēzi un pleiotropiju ir tāda, ka epistēze ir parādība, kurā viens gēns vienā lokā maina gēna fenotipisko izpausmi citā lokusā, savukārt pleiotropija izskaidro parādību, kurā viens gēns ietekmē vairākas fenotipiskas iezīmes.
Epistēze un pleiotropija ir divas parādības ģenētikā. Epistaze rodas, ja vairāk nekā viens gēns nosaka vienu fenotipu. Tāpēc epistāzē viens gēns ietekmē cita gēna, kas atrodas citā lokusā, izpausmi. Turpretī pleiotropija rodas, ja viens gēns nosaka vairākus fenotipus. Tādējādi viens gēns veicina vairākas īpašības. Gan epistāze, gan pleiotropija ir Mendeli mantojuma variācijas.
