Galvenā atšķirība starp opsonizāciju un neitralizāciju ir atkarīga no tā, kā viņi veic imunoloģisko reakciju. Veicot opsonizāciju, patogēni tiek atzīmēti pirms to iznīcināšanas, savukārt neitralizācijas laikā patogēna ietekme tiek neitralizēta.
Imunoloģiskās reakcijas var būt iedzimtas vai adaptīvas. Patogēniem piemīt patogēnu atpazīšanas receptori, kas atvieglo saimnieka identificēšanu. Opsonizācijas laikā saimnieks ražo opsonīnus. Tomēr neitralizējot, saimnieks ražo neitralizējošas antivielas, lai neitralizētu antivielu-antigēnu reakcijas iedarbību.
