Galvenā atšķirība starp fagocitozi un opsonizāciju ir tāda, ka fagocitoze ir mehānisms, ko atsevišķas šūnas vai organismi realizē, lai uzņemtu vai absorbētu svešas daļiņas, savukārt opsonizācija ir process, kurā patogēni tiek noņemti no sistēmas, tos iezīmējot ar opsonīniem.
Imunoloģiskās reakcijas var būt iedzimtas vai adaptīvas. Patogēniem ir patogēnu atpazīšanas receptori, kas atvieglo saimnieka identificēšanu. Opsonizācija un fagocitoze ir divas imunoloģiskas reakcijas. Veicot opsonizāciju, saimnieks identificē un iezīmē iebrucušās daļiņas iznīcināšanai, ražojot opsonīnus. Fagocitoze ir mehānisms, ar kura palīdzību noteiktas imūnās šūnas apņem un iznīcina no ķermeņa iebrūkošās daļiņas vai svešas daļiņas.
