Galvenā atšķirība starp endocitozi un fagocitozi ir tāda, ka endocitoze ir vielas ievešana šūnā, veidojot šūnu membrānas pūslīšus, savukārt fagocitoze ir lielās cietās vielas ievešana šūnā, veidojot fagosomas.
Endocitoze un fagocitoze ir divi transporta mehānismi, kas materiālus ievada šūnā. Endocitoze ir trīs kategorijas. Starp tiem fagocitoze un pinocitoze ir divi visbiežāk sastopamie veidi. Turklāt fagocitoze ir endocitozes forma. Abu mehānismu laikā pūslīšu iekšpusē tiek ņemti materiāli. Šie materiāli ietver šūnu atliekas, enzīmus, atmirušās šūnas, patogēnus, hormonus, barības vielas utt. Pretējs endocitozes mehānisms ir eksocitoze, kas ietver materiāla noņemšanu no šūnām, kas noslēgta pūslīšos.
